Ditetapkan sepuluh tahun selepas peristiwa Attack of the Killer Tomatoes (dirujuk sebagai "Perang Tomato Besar" (Great Tomato War)), Amerika Syarikat sekali lagi selamat, dan tomato telah diharamkan (walaupun pihak berkuasa masih berurusan dengan "penyeludup tomato" yang menjual kepada orang yang tidak boleh hidup tanpa tomato biasa). Wilbur Finletter (Steve Peace) telah dipuji sebagai wira Perang Tomato Besar dan mempamerkan kemasyhurannya dengan membuka Pizzeria Finletter, yang menyajikan piza tanpa tomato. Bekerja untuk Wilbur ialah anak saudaranya Chad Finletter (Anthony Starke) yang merupakan seorang budak hantaran. Turut bersama Chad ialah rakan sebiliknya Matt Stevens (George Clooney), seorang lelaki wanita yang peramah.

Walau bagaimanapun, masalah kembali dengan penjahat antisosial, Profesor Mortimer Gangreen (lakonan John Astin) dan pembantunya Igor (Steve Lundquist - juga pemenang pingat emas renang Olimpik) berusaha untuk melepaskan satu lagi gelombang keganasan tomato. Profesor Gangreen bingung kerana dikalahkan oleh "Puberty Love", lagu terburuk yang pernah dicipta, dan mengatakan bahawa kali ini muzik akan membantu, bukannya menghalangnya. Gangreen telah mencipta ruang transformasi tomato di mana dia boleh menukar tomato biasa menjadi replika lelaki dan wanita. Dengan mencelup tomato biasa ke dalam tong sisa toksik dan kemudian meletakkannya ke dalam ruang, Gangreen menggunakan muzik untuk kelebihannya, kerana kotak juke yang disambungkan ke ruang disegerakkan dengan ruang transformasi tomato, membolehkan dia mencipta hampir apa sahaja dengan penggunaan apa sahaja lagu yang dipilihnya (muzik Michael Jackson seolah-olah menjadikan tomato sebagai klon Jackson, tema Miami Vice seolah-olah membuat replika Don Johnson dan muzik yang menggoda rupanya mengubah tomato menjadi wanita cantik). Muzik pilihan Gangreen ialah rock yang membolehkan mencipta askar. Profesor Gangreen dengan komando tomatonya berusaha untuk menyerang penjara berdekatan di mana dia akan melepaskan sekutunya yang dipenjarakan Jim Richardson (Rick Rockwell), kemudian mengambil alih Amerika Syarikat di bawah penaklukan tomato pembunuhnya dan melantik Richardson sebagai Presiden Amerika Syarikat. . Gangreen juga telah menggunakan perantinya untuk mencipta replika wanita yang menarik bernama Tara (Karen Mistal), yang melayani Gangreen (sambil terus memberitahu pengunjung: "Saya kekasihnya. Saya juga memasak dan membersihkan.") sehingga dia menyedari sikap kesatnya terhadap tomato bermutasi yang salah di mana digelarnya sebagai FT, atau Fuzzy Tomato. Tara membelot Finletter's Pizza di mana dia mula bercinta dengan Chad.

Plot yang unik sebahagiannya memecahkan "dinding keempat" kerana watak-watak berkaitan dengan penonton bahawa pengeluaran telah kehabisan wang. Matt mencadangkan "penempatan produk" – pada masa itu amalan yang muncul dalam filem dan televisyen – sebagai penyelesaian untuk masalah kewangan. Sejak itu, watak-watak filem itu secara berseloroh mempamerkan dan mempromosikan pelbagai produk sambil plot filem itu diteruskan.[5]

Chad dan Tara mempunyai percintaan angin puyuh di mana segala-galanya seolah-olah berlaku secara ajaib kecuali kelakuan Tara yang pelik dan kebencian melampau terhadap sebarang bentuk muzik. Ketidaksukaan Chad terhadap tomato akhirnya menyebabkan perpecahan antara dirinya dan Tara dan selepas kenyataan yang sangat pedas pada makan malam romantis Tara membuang minuman di pangkuan Chad sebagai membalas dendam. Semasa Chad berada di bilik mandi membersihkan pemain biola dan mula bermain untuk Tara yang berubah kembali menjadi tomato. Panik berlaku dan restoran itu kosong apabila pengunjung lain melarikan diri dalam ketakutan apabila melihat tomato itu. Bunyi jam datuk yang berbunyi menjadikan dia kembali menjadi manusia apabila Chad kembali ke restoran yang kini lengang dan mereka pergi.

Tara terus melindungi FT semasa tinggal bersama Chad (dan Matt). Chad perasan trak sampah yang dipandu Igor manakala Igor cuba mencari Tara dan mengikutnya ke tempat pembuangan (tempat Igor memungut lebih banyak sisa toksik) dan kembali ke rumah Dr. Gangreen tempat Chad memerhatikan mereka mengubah tomato menjadi manusia.

Pulang ke rumah, Chad mendapati Tara memakan makanan tumbuhan-mereka berdua menjerit dan dia melarikan diri, hanya untuk diculik oleh Igor dan kembali kepada Dr. Gangreen. Chad, yang telah menemui tomato di kedai runcit yang dipercayainya sebagai Tara, kembali bersama Matt untuk menggunakan peralatan Dr. Gangreen untuk memulihkan wanita yang dicintainya. Mereka mendapati mesin itu boleh mencipta pelbagai orang bergantung pada muzik yang digunakan, termasuk lebih ramai wanita cantik (menarik perhatian Matt) tetapi mereka tidak mendapatkan Tara kembali. Mereka ditangkap oleh Dr. Gangreen yang memerah tomato dan menyuruh Igor melemparkan Chad dan Matt ke dalam penjara bawah tanah.

Di sana mereka mendapati Tara tidak rosak dan dalam bentuk manusia lalu dia dan Chad berdamai. Di luar pintu terkunci mereka mendengar FT, kepada siapa mereka menyampaikan mesej yang FT akan sampaikan kepada Wilbur yang mengumpulkan pasukan wira dari filem pertama untuk menyelamatkan tawanan. Tetapi semasa mereka dalam perjalanan Dr. Gangreen memaksa Chad dan Matt ke dalam ruang transformasi dan memulakan kira detik yang pada akhirnya akan mengubah kedua-duanya menjadi tomato. Dia dan Igor kemudian pergi dengan Tara yang ditawan untuk menyerbu penjara dan memulakan rancangan Dr. Gangreen untuk menguasai dunia tetapi Wilbur dan pasukannya menyelamatkan mereka tepat pada masanya.

Di penjara Dr. Gangreene menukar beg tomato menjadi pasukan penyerang yang berotot dan bersenjata lengkap dan mereka menyerbu penjara. Semasa berlawan Tara melarikan diri dan Gangreen dan Igor mengejarnya, yang seterusnya dikejar oleh Chad, Matt, Wilbur dan yang lain. Mereka mendapati Gangreen dan Igor telah memenjarakan Tara di dalam bilik gas dan mengancam untuk menyapunya jika pengejar tidak menyerah. Juga Igor mempunyai bom tangan. Dalam pertarungan berikutnya FT melemparkan dirinya pada bom tangan hidup sebelum ia meletup dan Gangreen berjaya mencetuskan gas. Semasa asap menyelubungi Tara di sebalik pintu, dia dan Chad mengucapkan selamat tinggal yang penuh sebak dan nampaknya Tara sudah selesai. Matt menekan butang untuk mengosongkan gas dari ruang.

Chad yang kecewa membuka pintu untuk mencari Tara yang tidak cedera; dia bukan manusia jadi gas itu tidak mencederakannya. Dr. Gangreen memainkan muzik dengan penuh kejayaan untuk mengubah Tara kembali menjadi tomato tetapi tiada apa yang berlaku; pendedahan kepada gas telah menjadikan Tara kekal sebagai manusia. Pekan ini meraikan wira sekali lagi, termasuk dan terutamanya FT, kerana orang ramai tertanya-tanya ke mana Matt pergi dan dikatakan bahawa dia kembali ke makmal Gangreen untuk memusnahkannya tetapi dia sebaliknya menggunakan peralatan untuk menghasilkan wanita cantik. Peranan kredit dan kami mendengar melalui runut bunyi, hos membenci filem itu dan sekumpulan lobak merah membunuh mereka dengan menembaknya.